Cependant, le vin commence à faire son effet et le cyclope fini par s'endormir profondément. Avec ses compagnons ils préparent un pieu dans un tronc d'olivier dont il durcisse la pointe dans le feu, puis transpercent totalement l'unique oeil du geant qui se réveille en hulant de douleur.
Les autres cyclopes accourent auprès de la grotte pour venir au secour de leur confrère et lui demande ce qui se passe et qui lui a fait ça, ce à quoi Polyphème répond "c'est Personne qui a fait ça, c'est Personne ! ", tous étonnés ils lui répondent "mais ! si c'est personne qui t'a fait mal, alors pourquoi cris-tu ainsi ?" et ils repartent tous vaquer à leurs occupations.
Livré à lui même et aveugle, il s'assoit en travers de l'entrée de la grotte pour saisir Ulysse et ses compagnons au passage s'ils tentent de sortir. Le cyclope commence à faire sortir ses moutons pour qu'ils aillent pâturer et pense explorer la caverne ensuite, pour retrouver les fripouilles qui lui ont crevé l'oeil.
C'est sans compter sur l'ingéniosité et la ruse d'Ulysse qui s'accroche avec ses compagnons au ventre des moutons, passant, ainsi, innaperçu au contôle des mains du cyclope sur son bétail.
Une fois à l'extérieure, ils rejoignent en toute hatte leur navir, mettent les voiles et Ulysse, avec arogance, dit au cyclope qui leur lance des pierres aveuglément "Si quelqu'un te demande qui t'a privé de ton œil, dis que c'est le fils de Laërte, Ulysse, le roi d'Ithaque !".
Furieux, le cyclope Polyphème demande à son père Poséidon de punir Ulysse et de tout faire pour qu'il ne puisse rentrer chez lui et ce sera le début d'innombrables aventure de l'Odyssé d'Ulysse.